Hetényi három hónapon át tanulta tőle a Tant, és amikor 1938-ban rokonlátogatásra ment Bécsbe, Padma ismét három hónapon át tanította, majd felavatta, így a szangha (szkt: saṅgha) tagjává vált. Hazatérve belépett a Teozófiai Társaságba. Több fordítást és verseskötetet publikált, többek között 1941-ben lefordította Christian Morgenstern Bitófa énekek című kötetét, amely három kiadást ért meg.

1948-ban Hetényit az állambiztonság ügynökként beszervezte, a 6-os kartonja szerint 3/3-as (belső elhárítás) ügynök volt, a dokumentum szerint a 3/1-től (hírszerzés) vették át. A fedőneve Viktor, később Pap Viktor volt. Hetényit egyházi vonalon alkalmazták, és nem egyszerű ügynök volt, inkább titkos munkatárs. Később, amikor a Missziót az állam elismerte, az Állami Vallásügyi Hivataltól kapta a fizetését.

1950 és 1954 között vendéghallgatóként orientalisztikai tanulmányokat folytatott az ELTE-n, Ligeti Lajostól (1902–1987) tibeti, Gaál László (1891–1964) professzortól szanszkrit nyelvet tanult. Ugyanakkor a Római Katolikus Hittudományi Akadémián teológiai stúdiumokat hallgatott.

1952. február 18-án Hetényi megalapította a Magyarországi Buddhista Missziót, amelyet furcsa módon a legkeményebb diktatúra idején sem üldözött az állam. Azonnal megkísérelte a Misszió állami elismertetését, ám ez ekkor még nem történt meg, a működését azonban nem gátolták. Ennek érdekében az Állami Egyházügyi Hivatal vezetőjének, Veres Pálnak írt beadványt, arra hivatkozva, hogy a Berlini Buddhista Egyházközösség a Missziós Központ iránt érdeklődött, valamint arról akart tudomást szerezni, hogy Magyarországon az egyházak szabadon működhetnek-e. Őt magát arra szólították fel, hogy kérjen engedélyt a Magyarországi Buddhista Misszió Működésére. Azért levelezett a berlini központtal, hogy elnyerje a támogatásukat, ami alapot adhat a beadványához. Ezzel a tettével Hetényi elindította az első magyar szervezett buddhista közösség kiépítését, amelyet később sikeresen meg is szilárdított, és gazdag tartalommal töltött meg.

Az, hogy az állambiztonság szemet hunyt egy buddhista csoport működése fölött, első pillantásra hihetetlennek tűnik, ez azonban több indokkal is magyarázható. Az egyik, hogy a vezetője beszervezett, megbízható ügynök volt, ráadásul egy ilyen közösség révén könnyen megfigyelhetővé válnak a másként gondolkodó személyek. A másik, hogy a kommunista párt fő ellenségnek a katolikus egyházat tekintette, és a kisegyházaknak tett engedményekkel kívánta elősegíteni a nagy egyház „felszalámizását”. Az is lehetséges, hogy a pártvezetők éppen ezzel a kis buddhista közösséggel kívánták bizonyítani, hogy hazánkban vallásszabadság van.

Hetényi azonban nem nyugodott bele a buddhista közösség eltűrt státuszába, szívósan dolgozott a hivatalos állami elismertetés érdekében. Folya­matosan levelezett különböző buddhista szervezetekkel, amelyeknek elnyerte az elismerését és a támogatását. 1953. március hó holdtölte napján Berlinben megtörtént Hetényi felvétele a Láma Anagárika Góvinda (szkt: Anagārika Govinda) (Ernst Lothar Hoffmann, 1898–1985) által 1933-ban Indiában alapított Árja Maitréja Mandala (szkt: Ārya Maitreya Maṇḍala) rendbe, akik a szthavira (szkt: sthavira = idősebb szerzetes) méltósággal ruházták fel. 1953. március 29-én megkapta a gese (t: dge-bshes), azaz doctor philosophiae buddhologiae címet.

Hetényi azonban kiváló diplomáciai képességének köszönhetően a Buddhista Misszió számára több más szervezettől nyert képviselői jogokat, így a Propagation Bouddhique Mondiale (Brüsszel, 1953), The Harmony Buddhist Mission (Arkansas, USA, 1955), The Western Buddhist Order (London, 1956) vagy később a Jodo-shin-su (Berlin–Budapest, 1967). Mindezzel sikerült védetté tennie a Missziót itthon, hiszen a kiterjedt nemzetközi kapcsolatok igencsak megnehezítették az ellenük induló politikai támadások lehetőségét.

Hetényi 1954. július 26-án, alig több mint egy évvel rendi felvétele után, a Nyugat-európai Tartományi Központ vezetőjétől, Láma Dapa Kasszapá­tól (Hans-Ulrich Rieker) (1920–1979) megkapta a mKhan-po bLa-ma címet, amely jogot biztosított számára a rendi pecsét vörös színű használatához és egy ásram (szkt: āśrama) alapításához. Ezen kívül joga volt rendtagok felvételéhez és avatásához. Hetényi rendkívül ambivalens személyiség volt, aki buddhistaként is megmaradt bohémnak, és aki egyszerre volt kedves, jó szándékú, ugyanakkor egy „diktatórikus vallatótiszt” is, ahogyan egyik rendtársa jellemezte.

Az intenzív nemzetközi kapcsolatai gyümölcseként 1957-ben az állam hivatalosan elismerte a Missziót, és ebbe talán a Kádár-kormány forradalom utáni elfogadtatási kényszere is belejátszott. Egy ilyen lépéssel a nemzetközi színtéren demonstrálni tudta, hogy hazánkban milyen nagyfokú vallásszabadság van. Azt is fontos azonban megemlíteni, hogy a belső elhárítás nem elégedett meg azzal, hogy a közösség vezetője beépített ügynök, rá és a buddhista csoportra más ügynököket is ráállítottak. Az AVH-s iratokból kiderül, hogy a Buddhista Missziót a rendszerváltásig megfigyelték.

Hetényi a Misszió alapítása után többször járt keleten, így eljutott Indiába, Laoszba, Mongóliába és a Burját Köztársaságba, ahol a buddhista kolostorok rendre vendégül látták. Gurujának tekintette Erdeni-phelt, az ulánbátori Gandan (mo: Гандан) kolostor főapátját és a burját Gombodzsab­ot (Gombojav). Mesterének tekintette Baktay Ervint és Felvinczi Takáts Zoltánt is, akik részt vettek a Misszió tevékenységében. Utazásai során olyan mesterekkel találkozott, mint Nyánapónika Théra (Anton Gueth) (1901–1994), Pijadasszí Maháthéra (1914–1998), Kákkápalijé Anuruddha (p: Kākkāpalliye Anuruddha Nāyaka Mahāthera) (1929–2013), Gunapána Pijaszéna Malalaszékera (1899–1973), de ismerte Walter Yeeling Evans-Wentzet (1878–1965), Alexandra David-Néelt (1868–1969), Giuseppe Tuccit (1894–1984) és Siegbert Hummelt (1908–2001) is.

1956-ban az Ārya Maitreya Maṇḍala rend a Buddha dzsajanti alkalmából megalapította a Kőrösi Csoma Sándor Intézetet, amelynek célja egyfelől a buddhista papok képzése, másfelől a hazai buddhista irodalom megteremtése. Az itt folyó képzést kezdetben 8 + 4 szemeszterre tervezték. Az intézet munkájáról Hetényi tudósításai nyomán, rendszeresen beszámolt a rend hivatalos németországi lapja, a Der Kreis. Az 1960-as évektől tibeti magyar szójegyzékeket, tibeti nyelvtani összefoglalót készített, és egyes tibeti buddhista szövegek átírását tette közzé, amelyek A Kőrösi Csoma Sándor Intézet Közleményei sorozatban jelentek meg. Hetényi elkezdte a tibeti szent szövegek fordítását, részben eredetiből, részben nyugati tibetológusok átdolgozása nyomán. Hetényi azt is elérte, hogy a Kőrösi Csoma Sándor Intézetben végzettek beadhattak egy olyan doktorátust, amelyet az állam is elismert. Az elsőt éppen a helyettese, Rács Géza kapta meg. Hetényi nagyon sokat tett Kőrösi Csoma Sándor szellemi hagyatékának ápolásában és hazai kultuszának őrzésében, valamint külhonban is elősegítette a mind szélesebb körű ismertté tételét.

Hetényi kapcsolatainak köszöngetően a nyolcvanas évek második felében egyre gyakrabban érkeztek külföldi buddhista tanítók a Misszióba. A legnagyobb esemény a Misszió életében az 1989 szeptemberében zajló Nemzetközi Buddhista Kongresszus volt. Hetényi, aki az előző évi párizsi kongresszuson részt vett, kiváló diplomáciai képessége révén Budapestre hozta a következő rendezvényt, amelyre hivatalosak voltak az Európai Buddhista Unió különböző országokból érkező buddhista vezetői. Ez volt a szervezet első találkozója a kelet-európai régióban.

Hetényi a hatvanas években rendszeresen megfordult Petrigalla Pál Vécsey utcai szalonjában, ahol megismert több művészt, Hamvas Bélát és Végh László röntgenorvost, művészetszervezőt, aki a hazai földalatti neoavantgárd kulcsalakja volt. A Misszió vezetője jó barátságba került Papp Oszkár (1925–2011) festőművésszel és művészetszervezővel, akivel közösen foglalkoztak az asztrológiával. Az is hozzáteendő, hogy az ötvenes-hatvanas években Hetényi a feleségével többször járt turistaként Ausztriában, Olaszországban, amikor egy átlagos állampolgárnak még kelet-európai útlevelet is nehezen adtak.

Hetényi minden kétséget kizáróan óriási szerepet játszott abban, hogy hazánkban meggyökeresedett a buddhizmus. Kiváló szervező- és diplomáciai képessége révén elérte, hogy a vallások számára legnehezebb rákosista korszakban elinduljon és fennmaradjon egy kis, de egyre bővülő buddhista közösség. Hetényi mind a hazai, mind a külföldi média számára folyamatosan demonstrálta, hogy Magyarországon nagyon jelentős buddhista élet zajlik, ami annyiban igaz is volt, hogy a kis csoportja igen aktívnak biznyult, más kisegyházakhoz képest azonban messze felülreprezentálódott. A Filmhíradó többször tudósított róluk, így az 1965. februári összeállításban Pesti Láma (Hetényi Ernő a buddhista tudományok doktora) címmel.

Az biztos, hogy Hetényi igen felkészült volt a buddhista tanítások és művészetek terén. Számtalan tanulmánya máig kéziratban van, ezeket azonban még életében az MTA Keleti Gyűjteményének és a Hopp Ferenc Kelet-­ázsiai Múzeum könyvtárának a rendelkezésére bocsátotta. Az évtizedek alatt számtalan munkát lefordított és megjelentetett, így a Kádár-korszakban olyan műveket juttatott a magyar érdeklődőkhöz, amelyek bizonyosan nem jelenhettek meg a hivatalos könyvkiadásban. Értekezései, cikkei és fordításai főként a mahájána és vadzsrajána irányzatok történelmével, bölcseletével és művészetével foglalkoznak. Igaz e művek nem kerültek be a könyvesboltokba, de a Missziónál beszerezhetők voltak. Másfelől mind a buddhista országok, mind a nyugati buddhista szervezetek felé folyamatosan demonstrálta, hogy hazánkban él és virul a buddhista közösség. Így a magyar Misszió az évtizedek alatt 46 külföldi buddhista szervezettel épített ki kapcsolatot, és több mint egy tucat nemzetközi hírű orientalistát nyert meg az együttműködésre. Ezek közül jó néhány, mint Giuseppe Tucci, elismerőleg nyilatkozott Hetényi tudományos tevékenységéről.